東京のEC運用代行おすすめ10選をECの専門家が解説！

「東京でEC運用を任せられる会社を探しているけれど、候補が多すぎて違いがわからない」
「楽天・Amazon・自社ECを運営しているものの、施策がチャネルごとにバラバラになっている」
「商品登録などの作業だけでなく、広告・ページ改善・CRMまで含めて売上を伸ばしてほしい」

EC運用を外注しようと思って調べ始めると、東京はとにかく会社数が多く、「結局どこが自社に合うのか」で迷いやすいエリアです。
楽天やAmazonの運用を得意とする会社もあれば、Shopifyなどの自社ECに強い会社、広告やCRM、受注・物流までEC事業全体に入ってくれる会社もあります。

そのため、「有名だから」「実績が多そうだから」という理由だけで選ぶと、実際に任せたかった業務と支援内容が噛み合わないこともあります。
まずは、自社がどのチャネルを伸ばしたいのか、日々の作業を減らしたいのか、売上改善まで任せたいのかを整理したうえで会社を比較することが大切です。

東京のEC運用代行会社を選ぶ3つのポイント

東京はEC運用代行会社の数が多く、モール特化型から総合支援型まで選択肢も幅広いエリアです。候補を増やすより、まず以下の3点で絞り込むほうが比較しやすくなります。

① 自社の販売チャネルに本当に強いか

楽天では検索対策やイベント、Amazonでは広告・商品ページ・在庫、自社ECでは集客とCRMなど、チャネルによって必要な運用は異なります。

「EC全般に対応」と書かれていても、実際に自社が使っているモールやカートでどの程度の実績があるかを確認しましょう。

複数チャネルを運営している場合は、モールごとに担当が分断されず、在庫や広告予算を横断して判断できる会社が向いています。

② 作業量ではなく、売上・利益の改善まで見てくれるか

商品登録やバナー更新などの作業を外注すれば、社内の負担は減らせます。

ただし売上を伸ばすには、アクセス、CVR、客単価、リピート率、広告効率など、どこに課題があるのかを数字で見極める必要があります。

毎月の作業報告だけで終わらず、「なぜこの施策をするのか」「結果をどう判断するのか」まで説明できる会社を選びましょう。

③ 自社の成長フェーズに合った支援体制か

立ち上げ直後のECと、月商数千万円以上のECでは、必要な人材や支援内容が大きく異なります。

小規模店舗なら柔軟に動ける担当者、大規模ECなら広告・制作・分析・物流などを分業できるチーム体制が向いています。

最低契約期間、定例会の頻度、担当者の人数、制作や広告の追加料金まで確認しておくと、契約後のズレを防ぎやすくなります。

東京のEC運用代行の費用相場

東京のEC運用代行でも、料金は所在地より「任せる業務量」「対象チャネル」「売上規模」で大きく変わります。固定費だけでなく、成果報酬・広告費・制作費を含めた総額で比較しましょう。

コンサル・部分代行：月額5万円〜20万円程度

分析、広告運用、SEO、商品登録、ページ改善など、一部の業務だけを依頼するケースです。

社内にEC担当者はいるものの、専門知識が必要な領域だけ外部へ任せたい企業に向いています。

対応件数や制作本数が決められている場合もあるため、月額内でどこまで依頼できるか確認しましょう。

運営代行・コンサル一体型：月額20万円〜50万円程度

販売計画、広告、セール、商品ページ改善、分析まで、売上改善を含めて継続的に任せる場合の中心的な価格帯です。

楽天やAmazonの大型イベント対応、レポート、定例会、制作業務が含まれるかによって料金は変わります。

成果報酬を組み合わせる会社では、現在の月商をもとに総額を試算しておきましょう。

フル運営・大規模EC支援：月額50万円〜100万円以上

複数モールや自社ECを横断し、制作、広告、CRM、受注、CS、物流連携まで幅広く任せるケースです。

EC事業部に近い役割を外部チームへ任せるため、支援人数やSKU数によって料金も大きくなります。

月商が大きいECでは、運用費の安さより、粗利・在庫・LTVまで含めて利益を改善できるかを重視しましょう。

東京のEC運用代行おすすめ10選

ではここから、EC運用代行に強いおすすめ10社を、それぞれの特徴・実績・料金とあわせてご紹介します。

東京のEC運用代行おすすめ① 株式会社Venture Ocean

おすすめポイント

• 楽天・Amazon・Qoo10・自社ECを横断して支援
• 商品開発から広告・SNS・EC運用まで一気通貫
• D2C・美容・食品領域の支援実績が豊富

株式会社Venture Oceanの概要・実績・料金

URL	https://venture-ocean.com/
所在地	大阪府堺市西区浜寺南町（東京対応）
設立年	2023年
実績詳細	・ヘアケアブランドのECモール立ち上げで売上10億円 ・冷凍食品ブランドのAmazon運用で売上300％伸長 ・美容サプリの楽天運用で月商10倍
料金	月額15万円〜

◎こんな方におすすめ

• EC事業全体から相談したい方
• 複数チャネルを横断して伸ばしたい方
• D2Cブランドの成長を伴走してほしい方

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東京のEC運用代行おすすめ② 株式会社YUGETA ECコンサルティング

おすすめポイント

• 楽天市場を中心に豊富なEC支援実績
• 初期費用0円・単月契約にも対応
• 専任担当者がコンサルから実務まで支援

株式会社YUGETA ECコンサルティングの概要・実績・料金

URL	https://www.ecconsulting.tokyo/
所在地	東京都新宿区西新宿
設立年	2016年
実績詳細	・月商350万円の店舗を2年で月商3.5億円へ成長 ・楽天SOYのべ15回の受賞実績 ・楽天市場を中心に幅広いモールを支援
料金	5万円〜（お試しプラン）

◎こんな方におすすめ

• 楽天市場の売上を伸ばしたい方
• 短期間から試してみたい方
• 担当者に深く入ってほしい方

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東京のEC運用代行おすすめ③ Finner株式会社

おすすめポイント

• 楽天・Amazon・Qoo10・Yahoo!・自社ECに対応
• 消費者起点の分析と施策設計に強み
• EC運営とCRMを横断して支援

Finner株式会社の概要・実績・料金

URL	https://finner.co.jp/
所在地	東京都新宿区新宿
設立年	2023年
実績詳細	・支援先平均売上増加率293％を公開 ・サポート開始3か月で売上3.5倍の事例 ・複数モールと自社ECを横断した支援
料金	月額20万円〜

◎こんな方におすすめ

• ECの売れない原因を分析してほしい方
• CRMまで含めて改善したい方
• 複数チャネルを運営している方

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東京のEC運用代行おすすめ④ 株式会社オタツー

おすすめポイント

• EC運用代行・定額EC運営代行に対応
• 商品登録・制作・メルマガ・広告・SNSまで幅広く支援
• EC事業の戦略設計から実行・改善まで伴走

株式会社オタツーの概要・実績・料金

URL	https://ota2.jp/
所在地	東京都港区南青山
設立年	2010年
実績詳細	・EC運用代行、定額EC運営代行、集客・広告運用に対応 ・商品登録、バナー・ページ制作、メルマガ、広告、SNSまで幅広く支援 ・15年以上・3,000社のEC支援ノウハウを公開
料金	月額5万円〜

◎こんな方におすすめ

• 定額でEC運用を任せたい方
• 商品登録や制作など実務を幅広く外注したい方
• 戦略から運用まで一社にまとめたい方

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東京のEC運用代行おすすめ⑤ 株式会社Proteinum

おすすめポイント

• EC出身者・コンサル出身者による専門支援
• 楽天・Amazon・Yahoo!・自社ECに対応
• 戦略設計から運営代行まで一気通貫

株式会社Proteinumの概要・実績・料金

URL	https://proteinum.co.jp/
所在地	東京都港区新橋
設立年	2020年
実績詳細	・累計100店舗以上のEC支援実績 ・楽天・Amazon・Yahoo!・自社ECの支援 ・EC支援SaaSの開発・提供も実施
料金	要問い合わせ

◎こんな方におすすめ

• 戦略から実行まで任せたい方
• データ分析を重視する方
• 社内にECノウハウを蓄積したい方

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東京のEC運用代行おすすめ⑥ ジャグー株式会社

おすすめポイント

• 楽天・Amazon・Yahoo!・Qoo10など主要モールに対応
• 元楽天メンバーを中心とした専門チーム
• 売上だけでなく利益改善まで重視

ジャグー株式会社の概要・実績・料金

URL	https://jagoo.co.jp/
所在地	東京都中央区築地
設立年	2020年
実績詳細	・年間100億円規模の流通を創出した実績 ・楽天SOY受賞店舗の支援実績 ・主要モールごとの専属コンサルタント体制
料金	月額50万円〜

◎こんな方におすすめ

• 大規模なモール運営を任せたい方
• 利益まで管理してほしい方
• 楽天・Amazonを本格的に伸ばしたい方

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東京のEC運用代行おすすめ⑦ 株式会社いつも

おすすめポイント

• EC・D2Cの総合支援に強み
• サイト構築・運営・広告・物流まで対応
• 上場企業として大規模ECにも対応

株式会社いつもの概要・実績・料金

URL	https://itsumo365.co.jp/
所在地	東京都千代田区有楽町
設立年	2007年
実績詳細	・EC専門の総合支援を長年展開 ・楽天、Amazon、自社EC、越境ECなど幅広く対応 ・運用代行から物流まで一貫支援
料金	要問い合わせ

◎こんな方におすすめ

• 大規模ECを運営している企業
• 物流までまとめて相談したい方
• 総合力を重視する方

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東京のEC運用代行おすすめ⑧ 株式会社Roseau Pensant

おすすめポイント

• EC戦略から制作・運営・物流まで対応
• ファッション・アパレル領域に強み
• ZOZOTOWNを含む多チャネル運営に対応

株式会社Roseau Pensantの概要・実績・料金

URL	https://roseaupensant.jp/
所在地	東京都港区六本木
設立年	2012年
実績詳細	・自社ECのリニューアルから継続運用まで支援 ・楽天、Amazon、ZOZOTOWNなどに対応 ・商品撮影、登録、CS、物流管理まで支援
料金	要問い合わせ

◎こんな方におすすめ

• アパレル・ファッション企業
• ブランド表現も重視したい方
• 制作から運用まで一社にまとめたい方

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東京のEC運用代行おすすめ⑨ 株式会社ピュアフラット

おすすめポイント

• 楽天・Amazon・Qoo10・Yahoo!に対応
• ECモールごとの専門担当制
• 広告・ページ制作・商品登録まで一気通貫

株式会社ピュアフラットの概要・実績・料金

URL	https://pureflat.co.jp/
所在地	東京都港区南青山
設立年	2020年
実績詳細	・3,000店舗以上の支援実績 ・楽天市場の売上アップ率平均372％を公開 ・元楽天・Amazonなどの経験者が支援
料金	要問い合わせ

◎こんな方におすすめ

• モール売上を短期間で改善したい方
• 広告とページ改善をまとめたい方
• 専門担当者に伴走してほしい方

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東京のEC運用代行おすすめ⑩ コマースメディア株式会社

おすすめポイント

• Shopify・自社ECの構築と運営に強み
• 楽天・Amazon・Yahoo!などモール運営にも対応
• 受注・CS・物流まで一貫して支援

コマースメディア株式会社の概要・実績・料金

URL	https://commerce-media.info/
所在地	東京都豊島区南大塚
設立年	2016年
実績詳細	・Shopify PlusパートナーとしてEC構築・運用を支援 ・自社でもEC事業を運営 ・大手食品・アパレル・エンタメ企業などの支援実績
料金	要問い合わせ

◎こんな方におすすめ

• Shopifyを中心に自社ECを強化したい方
• モールと自社ECを横断したい方
• 物流やCSまでまとめて任せたい方

東京のEC運用代行に関するよくある質問

Q1. 東京のEC運用代行会社へ依頼するメリットは何ですか？

専門性の高い会社が多く、楽天・Amazon・Shopify・アパレルなど、自社の課題に合わせて比較しやすい点です。
会社数が多いからこそ、所在地よりも得意チャネル・商材・支援範囲を優先して選びましょう。

Q2. 東京のEC運用代行の費用はいくらですか？

部分代行は月額5万円〜20万円程度、運営とコンサルを含む場合は月額20万円〜50万円程度、フル運営では月額50万円〜100万円以上が目安です。
成果報酬、広告費、ページ制作費が別途必要かも確認しましょう。

Q3. EC運用代行会社へ丸投げしても大丈夫ですか？

実務をまとめて委託することはできますが、売上目標や商品の方針まで完全に外部任せにするのはおすすめできません。
KPI、報告頻度、広告アカウントやデータの管理方法を決め、自社側でも数字を確認できる状態を作りましょう。

東京のEC運用代行おすすめ10選のまとめ

東京には、楽天やAmazonに強い会社、自社EC・Shopifyに強い会社、EC事業部に近い役割まで担える会社など、タイプの異なるEC運用代行会社が数多くあります。
選択肢が多い分、会社名だけで比較すると違いが見えにくくなります。

まずは、自社の課題が「人手不足」なのか、「集客不足」なのか、「CVRが低い」のか、「リピートしない」のかを整理しましょう。
同じEC運用代行でも、必要な支援内容は課題によって大きく変わります。

また、複数モールを運営している場合は、各チャネルを別々に最適化するのではなく、在庫・広告費・販促計画まで横断して考えられる会社が向いています。

東京の豊富な選択肢を活かし、自社の販売チャネル・商材・売上規模に最も近い実績を持つ会社を選ぶことが、EC運用代行で失敗しないポイントです。

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